Charset x encoding

Se você trabalha com arquivos-texto gerados no Windows normalmente ISO-8859-1 é mais que suficiente.
Em ambiente Linux e Solaris é preferível usar UTF-8.

1. eu desenvolvo em linux mas a aplicação poderá rodar em windows tbm???

2. O grande problema eh o seguinte: eu utilizo tudo como utf-8 meu eclipse ta configurado para utf-8 tbm, o problema surge quando eu criei um arquivo .properties que está como padrao utf-8 tbm, mas quando vou ler desse arquivo ele tráz os caracters acentuados de forma errada. ???

thingol:

Se você trabalha com arquivos-texto gerados no Windows normalmente ISO-8859-1 é mais que suficiente.
Em ambiente Linux e Solaris é preferível usar UTF-8.

Se vc trabalha com qualquer lingua nao-latina, ISO-8859-1 nao vai resolver, seja Windows ou Unix.

UTF8 eh o unico encoding que deveria ser usado, sem desculpas

Você já leu este post?

http://www.guj.com.br/posts/list/12456.java

talvez te ajude.

com relação ao arquivo, existem dois ou três problemas possíveis.
No linux tem que verificar LANG. Problemas similares são encontrados em XML (mesmo no formato UTF-8).
No tomcat também pode estar configurado para usar o charset UTF-8 ou outro;
As fontes do linux podem dar problemas na apresentação dos símbolos utfs.