Aconteceu algo parecido comigo. O projeto estava no lughar até que do nada o NB deu erro de Referência. Quano cliquei no Resolve Referênce Problems, todo o projeto sumiu, só sobrou a pasta com o nome do projeto e dentro dela a pasta nbproject.
O chato foi que não consegui recuperar nada.
Foda isso, se alguém sabe o porque disso acontecer, da uma dica p/ pessoal. Ta parecendo que isso está acontecendo com mais pessoas.
Isso acontece porque o netBeans não permite que vc altere o código gerado por ele.
Nas versões mais antigas, o código ficava com um comentário “GENERATED-CODE”, e com um sinal de “+” do lado, é só clicar nesse “+” para expandir e visualizar o código gerado.