Código JSP empurrando página html

Boa noite senhores!
Não queria ter que ficar perturbando vocês mas encontrei uma dúvida no estágio final do meu trabalho de conclusão de curso e queria a ajuda de vocês para consertar o meu problema.

A questão é o seguinte:

No meu sistema eu tenho uma página de busca que pega informações através de um servlet e retorna na mesma página jsp.
Quando a página está estática, ou seja, sem chamar os métodos da busca, ela fica normal. Mas quando eu realizo a busca o código jsp, que deveria ser executado dentro do corpo do HTML, empurra todo o conteúdo do site e exibe minha UL antes do site.

Alguem saberia como consertar este problema??

Muito obrigado!

Meu código HTML é esse:

<%-- 
    Document   : busca
    Created on : 15/02/2013, 20:57:44
    Author     : Bruno Cesar
--%>

<%@page import="java.io.PrintWriter"%>
<%@page import="model.Upload"%>
<%@page import="java.util.ArrayList"%>
<%@page contentType="text/html" pageEncoding="UTF-8"%>
<!DOCTYPE html>

<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"><!-- InstanceBegin template="/Templates/modelo2.dwt" codeOutsideHTMLIsLocked="false" -->
    <head>

        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="estilos/reset.css" />
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="estilos/corpo.css" />
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="estilos/topo.css" />
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="estilos/rodape.css" />
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="estilos/geral.css" />
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="estilos/textos.css" />



        <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
        <!-- InstanceBeginEditable name="doctitle" -->
        <title>eDoc - Compartilhamento de arquivos acadêmicos.</title>


        <!-- InstanceEndEditable -->
        <!-- InstanceBeginEditable name="head" -->
        <!-- InstanceEndEditable -->
    </head>

    <body>

        <div id="tudo">

            <div id="topo">
                <div id="conteudo_topo">
                    <div id="logo"><a href="index.jsp"><img src="imagens/logo.png" /></a></div>
                    <!-- InstanceBeginEditable name="EditRegion4" -->

                    <div id="topo_direito">

                        <%@include file="/WEB-INF/jspf/cab.jspf"  %> 
                    </div>
                    <!-- InstanceEndEditable --> </div> <!--	FIM DO CONTEÚDO DO TOPO	-->
            </div> <!--		FIM DO TOPO	-->


            <ul id="menu"> <!--	UL DO MENU	--> 

                <a href="index.jsp"><li>HOME</li></a>
                <a href="quem-somos.jsp"><li>QUEM SOMOS</li></a>
                <a href="busca.jsp"><li>BUSCA</li></a>
                <a href="upload.jsp"><li>UPLOAD</li></a>
                <a href="contato.jsp"><li>CONTATO</li></a>

            </ul> <!--	UL DO MENU	-->

            

            <div id="conteudo">
                <!-- InstanceBeginEditable name="EditRegion1" -->
                <div id="formulario_busca">
                    <form action="Ctr" method="post">
                        <input name="verifica_busca" type="text" placeholder="Faça sua busca por aqui" required class="formulario" id="verifica_busca" /><br />
                        <label for="cursos"></label>
                        <br />
                        <input name="" type="submit" class="botao_formulario" />
                        <input type="hidden" name="acao" value="buscando"/>
                    </form>
                </div>
                <br />
                <br />

                
                    <%
                    ArrayList resultados = (ArrayList) request.getAttribute("resultados");
                PrintWriter saida = response.getWriter();

                if (resultados == null) {
                    saida.println(" ");
                } else {
                    saida.println("<ul id='mostra_busca'>");
                        for (int i = 0; i < resultados.size(); i++) {
            
                                    Upload guarda = new Upload();
                                    guarda = (Upload) resultados.get(i);
                                    saida.println("<li>");

                                    saida.println("<p class='texto_busca'>");
                                    response.getWriter().println(guarda.getNome_arquivo());
                                    saida.println("</p>");

                                    saida.println("<br />");

                                    saida.println("<p class='texto_busca'>");
                                    response.getWriter().println(guarda.getTipo_arquivo());
                                    saida.println("</p>");

                                    saida.println("<br />");

                                    saida.println("<p class='texto_busca'>");
                                    response.getWriter().println(guarda.getArea_atuacao());
                                    saida.println("</p>");
                                    
                                    saida.println("</li>");
                                }
                            
                    saida.println("</ul>");
                        }
                    %>

                    </li>
                </ul>
                <!-- InstanceEndEditable -->
            </div>

            <div id="rodape"> <!--	DIV RODAPÉ	-->
                <div id="rodape_content">

                    <ul id="mapa"> <!--	 UL DO MAPA DO SITE-->
                        <li><a href="../view/index.php">HOME</a></li>
                        <li><a href="../view/quem_somos.php">QUEM SOMOS</a></li>
                        <li><a href="../view/busca.php">BUSCA</a></li>

                        <li><a href="../view/upload.php">UPLOAD</a></li>
                        <li><a href="../view/direitos_autorais.php">DIREITOS AUTORAIS</a></li>
                        <li><a href="../view/contato.php">CONTATO</a></li>
                    </ul> <!--	 FIM DA UL DO MAPA DO SITE	-->

                    <ul id="direitos">
                        <li>eDOC 2013. ALGUNS DIREITOS RESERVADOS.</li>
                    </ul>


                </div><!--	FIM DO CONTEU-->


            </div> <!--	FIM DO RODAPÉ-->


        </div>
    </body>
    <!-- InstanceEnd --></html>

Se tiver como postar uma imagem de como fica, acho que ficaria mais claro ‘-’