Comando no sistema operacional

Dá uma olhada no comando exec da classe Runtime.
Ex: System.getRuntime().exec("/usr/bin/cat");
O retorno do comando exec é uma instância da classe Process, que têm métodos muito úteis para a execução de programas externos, como por exemplo: getInputStream ou getOutputStream, dessa forma você pode enviar strings para o programa em execução e ler o retorno desta execução.