Vamos lá.
Primeiramente, print.out.println é algo novo pra mim. Você quis dizer System.out.println()?
Segundo lugar, isso é muito dependente. De IDE, de SO, de console pra console. Logo, o melhor mesmo seria você procurar bibliotecas gráficas como o Swing e o FX. Mas como você deve estar começando agora, vou te ensinar um macete para “limpar” o console.
for (int i=0; i < 20; i++){`
System.out.println();
}
Quando você ler Z ou Y (pelo Scanner), você chama esse for. Ele vai pular vinte linhas do console, jogando todas as coisas anteriores para cima e assim “apagando” as coisas. Você também pode ler sobre o \r, mas como eu disse, isso muda de ambiente para ambiente.
Se quiser alterar a quantidade de linhas puladas, basta mexer no segundo statement do for. Ele pulará linhas enquanto i for menor que X.
[]'s