Comercialização de aplicativo java desktop

Tem gente que cria um arquivo .exe grande a partir de um .jar grande (onde você põe todas as coisas que estão tradicionalmente em jars separados).
Entretanto, isso não ajuda “muito”, porque esse .exe pode ser descompactado (e portanto aberto) por qualquer programa que consiga olhar dentro de arquivos .zip.
Se você está preocupado com roubo de código, acho que usou a linguagem errada - mesmo você usando um “obfuscador de código”, não conseguirá fazer muita coisa contra um descompilador Java decente.

É que na verdade estou mais preocupado em fornecer da mesma forma que as empresas costumam fazer.
O inno setup não me ajudou nesta questão de deixar tudo em um executável, poderia me indicar como ou qual software faz isto?
Não achei uma solução viável deixar os arquivos .jar dentro de uma pasta no diretório “arquivos de programas”, mas se for o caso terei que seguir em frente desta forma mesmo.

Obrigado pela atenção.

Para converter o seu jar em um exe, há programas como o JSmooth, o Jar2EXE etc. (Nunca usei nenhum deles, não sei lhe indicar o melhor)
Para converter vários jars em um jar, acho que existe o FatJar e outros programas semelhantes.

Eu uso o Launch4j

Você pode fazer a distribuição da sua aplicação via WebStart também. De certa forma é mais seguro (levando em conta a possibilidade de fazer um bloqueio para impedir o download direto, por exemplo), e com certeza mais prático.

Dê uma olhada aqui