Pesquisa sobre includes no PHP, a maneira correta é você usar o INCLUDE para fatiar sua página e chamar ela delimitado com as TAGS de invocação do php.
OBS: não entendi porque não tem o index.php como principal, geralmente eu crio as páginas na parte principal do projeto, sem pasta de layout nenhuma. Daí criaria uma pasta com nome include e fatiaria as partes que voce quer chamar, inclusive a fatia da HEADER que contem o LINK CSS, para a chamada do CSS.
No seu caso pelo que entendo seria a chamada de CSS da seguinte maneira:
<link href="../css/style.css" rel="stylesheet">
Hundea
tem sim o index.php principal, mas e ele fica ante destas páginas.
G
Gui1991
Há entendi, se fica antes, qual seria o nome dessa pasta que contem todas essas outras que você postou no fórum?
Você tem que colocar o nome da pasta principal que esta a pasta CSS, e depois coloca o CSS.