Como copiar um arquivo texto e gerar outro com variáveis dentro de um looping?

Olá amigo.
Não sei se ajudará, mas este código que segue é algo ‘simplificado’ do que eu acho que você quer. Ele basicamente tira coisas escritas de um e escreve no outro.

import java.io.*;

public class Exercicio3  {

	
	public static void main(String[] args) throws IOException {
		
		//lendo a entrada.
		InputStream objeto1 = new FileInputStream("entrada.txt");
		InputStreamReader objeto2 = new InputStreamReader(objeto1);
		BufferedReader objeto3 = new BufferedReader(objeto2);
		
		//escrevendo no arquivo de saída.
		OutputStream objeto4 = new FileOutputStream("saida.txt");
		OutputStreamWriter objeto5 = new OutputStreamWriter(objeto4);
		BufferedWriter objeto6 = new BufferedWriter(objeto5);
		
		String s = objeto3.readLine();
		
		while(s != null){
		
			objeto6.write(s);
			objeto6.newLine();
			s = objeto3.readLine();	
		}
		
		objeto6.close();
		

	}

}

Não entendi bem sua dúvida, mas dê um olhada no Velocity, talvez esse framework de template possa te ajudar.

Isso mesmo só que o programa esta apenas copiando um arquivo e lendo no outro, só que por exemplo eu tenho um vetor com 10 palavras e eu tenho que colocar essas palavras uma em cada arquivo no meio de uma frase assim :

vetor nome[] = {joao,maria,jose,…};

e no arquivo eu tenho um espaço assim :

cidade São Paulo Brasil

nome idade 34…
…
cada palavra do vetor tem que ser escrita depois de nome, que está no meio do arquivo, alguém tem alguma idéia?