Estava fazendo uns testes aqui mas quando eu copio salva um arquivo desconhecido (com o mesmo tamanho da pasta) e não a pasta com os arquivos dentro.
Posta o código para vermos estes seus testes
Para trabalhar com arquivos e IO eu sugiro a lib Commons IO da apache, ela é uma mão na roda.
https://mvnrepository.com/artifact/commons-io/commons-io/2.4