O seu projeto está em algum diretório do seu computador, este diretório foi definido por você na Workspace(Eclipse) antes de criar o projeto. Não sei como é no NetBeans,
Se estiver usando o Eclipse clique na pasta do projeto com botão direito clique em Properties em Resource o caminho do projeto esta em Location.
Estava tentando fugir de colocar o caminho completo. Quando recupero um arquivo que esta dentro da pasta de trabalho ele lê, mas quando é para gravar somente com o caminho completo.
Se alguem achar uma solução melhor estou de olho no post.