Olá
Além da dúvida acima ainda preciso colocar um ícone neste atalho.
[]s
Luca
Manda o executável do comando shortcut junto com a tua aplicação e da um exec nele via java 
Pega o resource toolkit do win2003 que vem com ele.
Só uma perguntinha, Luca. Eu nunca tentei, mas talvez funcione: Já pensou em fazer um JNLP como seu instalador? Assim você usa todas as funcionalidadezinhas lindas que o Java Web Start lhe oferece (inclusive o lance de criar shortcuts com ícones), sem precisar se sujar com detalhes específicos de cada desktop. 
Ah é, se for só pra instalação o web start vai bem mesmo.
Olá
Estamos usando um instalador chamado izPack. Acontece que no user guide dele tem 7 a 8 páginas só para esta questão de criar shortcut e ícone no desktop. Parece que varia de Windows para Windows e o cara que está com a mão na massa gostaria de saber se há algum modo mais direto ou mais fácil.
A idéia do jnlp é interessante e já está prevista para ser usada no futuro. O uso deste instalador foi desenvolvido muito rapidamente e eu imaginei que pudesse haver algum modo mais rápido.
[]s
Luca
Olá
As máquinas que vão usar esta aplicação são o lixo do lixo. 
[]s
Luca
Sendo windows o negocio roda. É super leve, não tem nada d+. Não sei se ele teria comportamento diferente em windows 95 mas da uma testada.
O resource kit é interessante, um monte de exezinho que fazem tudo que o windows faz e mais (lembra do ln -s do linux? ).
De cabeça não lembro se é o kit do xp ou do 2003 que tem o shortcut.exe, eu uso muito o linkd (ln -s) 
Olá
Fábio, grande dica. Googlando shortcut.exe achei uns trecos q suponho vão ajudar ao Artur.
[]s
Luca
Caro Luca,
eu ja utilizei o IzPack para fazer um instalador e no da minha aplicacao, adicionei o seguinte trecho:
vc deve criar o arquivo MKSHORTCUT.vbs, que é um arquivo texto contendo os itens do seu atalho, veja o meu:
Set Shell = CreateObject(“WScript.Shell”)
DesktopPath = Shell.SpecialFolders(“Desktop”)
Set link = Shell.CreateShortcut(DesktopPath & “\ClienteVPN.lnk”)
link.Arguments = “”
link.Description = “Cliente VPN do PABX TigerPhone”
link.HotKey = “”
link.IconLocation = “%SystemRoot%\system32\SHELL32.dll, 44”
link.TargetPath = “$INSTALL_PATH\startVPNclient.bat”
link.WindowStyle = 1
link.WorkingDirectory = “$INSTALL_PATH”
link.Save
o INTALL_PATH é o diretorio de instalaçao que IzPack ira fazer o parse (vc precisa declarar isto).
Para testar o arquivo, va para o CMD (eu usei isto no XP), e digite [b]wscript[b] seguido do nome do mbs (MKSHORTCUT.vbs). O desenho do icone é setado na linha link.WindowStyle = 1, va modificando o numero até conseguir o desenho que vc deseja.
Espero ter ajudado.
cara tem o nullsoft installer, muito facil de configurar e trabalhar. usei ele semana passada.
foi um show pra empacotar trocentas dlls que eu nem sabia que precisava. @#$@ .net
ele te da varias opcoes de configuracao e compressao.
e é completamente free
http://nsis.sourceforge.net/Main_Page
qquer coisa da um toque se precisar de help, eu tenho uns 2 scripts prontos pra exemplo.