Gostaria de saber como eu faço para que uma janela fique em cima das outras.
Tipo eu tenho minha janela principal, que chama a janela secundaria, então eu não posso interagir com a janela principal ate que eu feche a janela secundaria.
Eu estava pesquisando e vi que tem um método, mais não entendi muito bem.
Se a tua janela for um JDialog, você poderá utilizar o setModal(true);
ou seja, sua janela ficará como um dialog principal e impossibilitando o click em outras janelas.