Como executar um programa que fiz, clicando em um icone na área de trabalho?

Gere o .jar

Crie um atalho para uma batch (arquivo texto terminado com .bat ou .cmd) que contém os comandos necessários para rodar seu programa. Exemplo de uma batch:

@echo off
set CLASSPATH=.............
PATH=..............
cd ..............
java -jar SeuPrograma.jar

Onde eu pus “…” preencha com os valores adequados.

Tem um programa que gera um executável pra windows que serve para iniciar a máquina virtual e executar sua Main Class. Inclusive ele permique que você distribua sua aplicação com a JRE. O nome é JSmooth (http://jsmooth.sourceforge.net/). Ai vc nem precisa do bat nem precisa que o console abra junto da sua aplicação.

Pra gerar um instalador facilmente use o NSis (http://nsis.sourceforge.net/Main_Page), que tem um plugin pro Eclipse que ajuda bastante na criação do instalador. Ai vc pode colocar atalhos na área de trabalho automaticamente e outras coisas que esses instaladores fazem.