Uso a API para trabalhar com Office POI, mas acho que é uma dúvida para qualquer API, no Eclipse eu inclui o jar do POI em libraries em Build Path, mas só funciona no Eclipse, quando eu crio o jar da aplicação, ele funciona normalmente até eu abrir alguma tela que use essa API, ai vejo na mensagem de erro que ele não encontra as classes da API, como eu exporto elas tb para funcionar normalmente???
você vai escrever no seu mainfest a linha
Class-Path: MinhaAPI.jar