Como fazer a distribuicao de programas em java

nakrak:

Minha duvida vem do fato de que apesar dos arquivos do jar nao serem legiveis eles sao facilmente descompilados e nao me parece certo enviar um arquivo jar para clientes

entao qual a forma correta de distribuir um programa criado em java?

é tão chato trabalhar pra entender resultados de decompiladores que vc pesa o valor da engenharia reversa disso com o retorno que isso te daria. As vezes não compensa. Melhor pegar e fazer vc mesmo ou ser humilde e ir perguntar pro cara que fez se ele ensina.

Acho q vc nao entendeu

Seu eu criar um aplicativo e enviar pra alguem o jar dele em 10 minutod]s no google e le ja tem todas as classes e o fonte completo disponivel e legivel

me parece estranho isso mas por exemplo http://jd.benow.ca/

eu tomei um susto a primeira vez que mandei um jar pra um amigo e ele comecou a fazer observacoes sobre meu codigo
entao ele me passou alguns programas que pegam o jar e descompilam o fonte

por isso minha questao
como criar uma aplicacao comercial e proteger o codigo fonte para que ele nao seja copiado modificado etc

nakrak:

Acho q vc nao entendeu

Seu eu criar um aplicativo e enviar pra alguem o jar dele em 10 minutod]s no google e le ja tem todas as classes e o fonte completo disponivel e legivel

me parece estranho isso mas por exemplo http://jd.benow.ca/

eu tomei um susto a primeira vez que mandei um jar pra um amigo e ele comecou a fazer observacoes sobre meu codigo
entao ele me passou alguns programas que pegam o jar e descompilam o fonte

por isso minha questao
como criar uma aplicacao comercial e proteger o codigo fonte para que ele nao seja copiado modificado etc

Não tem jeito. o que vc pode fazer é usar um ofuscador de código.
mas isso é só dificultar um pouco mais as coisas no caso se for o algoritmo de uma formula matemática.
algoritmos militares não saem dos seus servidores, então no fundo o que temos que fazer é confia na ética da maioria e tentar ganhar dinheiro o mais rápido possível com a ideia. Claro, se seu fonte for protegido por direitos autorais, e o carinha utilizar trechos compridos de mais do seu fonte, as probabilidades vão denuncia-lo por plagio. Mas a qestão é: quem vai passar todos os fontes do mundo em decompiladores e compara-los com cada fonte protegido por direito autoral?

Só uma ressalva, eu parei de acompanhar a evolução dos algoritmos de criptografia homomórfica. Este é um caminho.