O Apache Axis é um framework como outro qualquer, ou seja, você irá trabalhar no seu projeto com quantas classes e referencias quiser o Axis irá apenas expor as classes que você definir como um serviço externo.
No final do seu projeto você irá gerar o war com tudo, sacou!?
Minha sugestão para trabalhar com serviços SOAP seria ultilizar o JAX-WS que é um recurso nativo do Java, a partir da versão 6.
Dê uma olhada nesse tutorial: http://java.dzone.com/articles/jax-ws-hello-world