Como fazer uma caixa de dialogo?

Isso em sistema web?
se sim, você pode utilizar a função window.confirm().

Dê uma pesquisada no google que certamente irá encontrar algo a respeito.

E se for Swing você pode usar:

JOptionPane.showConfirmDialog(Component parentComponent, Object message);

Onde parentComponent é o componente ao qual o diálogo será aninhado e message é a mensagem que será exibida.

bem eu consegui resolver desta maneira.

var x=window.confirm("Are you sure you are ok?")
if (x){
document.getElementById('form1:hiddenField1').value = "OK";

}
else
    {

document.getElementById('form1:hiddenField1').value = "NAO";
}

No evento onClick do botão coloque o seguinte código

return confirm("mensagem")

Achei isso em http://www.netbeans.org/kb/55/photoalbum.html