Como funciona pop-ups e broqueadores

Olá, eu estava lendo nessa pagina http://pt.stackoverflow.com/questions/782/como-imprimir-o-conteúdo-dentro-de-uma-div-html a respeito de imprimir conteúdo em html, na verdade era conteúdos onde tinham que imprimir no html scripts de javascript e executa-los… Até que alguém disse que determinados recursos javascript só podem ser usados através do evento onclick, senão era broqueado pelos broqueadores de pop-ups, pois entenderia que fosse um anuncio intrusivo.
Como exatamente funcionam esses broqueadores? Pois tenho paginas, que quando carregadas, irão executar algumas funções javscript.