Bom, pelo que eu entendi, ele entende como ativo empregados com PPAPSICA = EmpregadoServices.SITUACAO_ATIVA_SIP_VIEW e empregados com PPAPSICA = null, por isso do check do null value.
Então, e se vc mudar para " AND (EmpregadoEntity.PPAPSICA = EmpregadoServices.SITUACAO_ATIVA_SIP_VIEW or EmpregadoEntity.PPAPSICA is null ) " ?