Para gerar um instalador para minhas aplicações, eu utilizo o izpack e o pack jacket que seria uma interface gráfica para o izpack
O que percebi é que o izpack tem uma funcionalidade que se marcada, ao executar o instalador gerado, é criado uma linha lá no msconfig do windows para que o programa inicie na inicialização do windows.
A questão como ele faz isso sabendo-se que gero um instalador .jar e não um exe… existe algum recurso java para acessar o msconfig?