Como ofuscar os dados dentro de um arquivo com extensão própria

Recentemente me veio uma duvida frequente, eu estou criando uma extensão própria para um programa, onde eu pretendo guardar algumas configurações do próprio programa mas não quero que o usuário veja o texto original. O que eu quero é que o texto fique embaralhado e ofuscado da mesma forma como ficam os programas que tem extensões como imagens e sons ficam, não da mesma forma mais seguinte este principio, não sei se fui claro na minha indagação. Agradeço a ajuda.

Use criptografia de dados!
Encriptá-los antes de coloca-los no arquivo, e descriptografar quando recuperar os dados.
Basicamente você vai precisar estudar sobre criptografia e arquivo properties para solucionar o problema.