Só usando arrays acredito que o jeito mais simples seja perguntando ao usuário quantos números ele deseja organizar e só depois ir pedindo para ele adicionar os números. Veja uma forma de fazer isso:
importjava.util.Arrays;importjava.util.Scanner;publicclassProgram{privatestaticfinalScannerscan=newScanner(System.in).useDelimiter("[,\\s]+");publicstaticvoidmain(String...args){System.out.print("Quantos números deseja organizar? ");intquantidade=scan.nextInt();int[]numeros=newint[quantidade];for(inti=0;i<quantidade;i++){System.out.printf("Entre com o número %d de %d: ",i+1,quantidade);numeros[i]=scan.nextInt();}Arrays.sort(numeros);System.out.println(Arrays.toString(numeros));}}