Como Percorrer Strings

olá,
bom gostaria de uma ajuda tremenda, pois quero comparar determinas string de um arquivo
com um outro, onde todos esses registro tem a mesma posição mas naum necessariamente tamanho.
vou dar um exemplo:

aqui esta o exemplo do arquivo que quero comparar com outro de mesmo formato.

157000000014333485422 014333235989 011012113252000040 00 RP1ISO COL1I 01
157000000014333270089 014333235989 011012143845000022 00 RP1ISO SS2I 01 0
157000000014333277621 014333235989 011212102702000008 00 RP1ISO SS5I 01 0

Portanto a ideia é seguinte encontrar duplicações, detalhe sao determinadas posiçoes
que me interessa, sendo assim vou usar o metodos string para fazer isso, minha dificuldade
está sendo percorrer estes registros (as linha), naum sei como fço para depois que ele ler a
primeira linha, comparar com a seguinte e assim sucessivamente.

Gostaria que mostrasse um modelo para eu conseguir estar vendo como seria essa
implementaçao e quais metodos estarei usando em todo esse procedimento que comentei,
pois depois disso quero gerar os arquivos de duplicados e os não duplicados.

obs: ao invez de ter dois arquivos teria a possibilidade de ler e comparar com o mesmo?

Obrigado, vai ser uma ajudona.

try {
	BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader("infilename"));//infilename é o nome do arquivo que você vai dar de entrada
	String str;
	while ((str = in.readLine()) != null) {
                               //aqui você coloca o método para encontrar a duplicidade
		System.out.println(str);
	}
	in.close();
} catch (IOException e) {
	System.out.println(e);
}

isso aqui lê as linhas do seu arquivo e coloca em str.
aí dentro do while você ve se tem alguma coisa duplicada em str na posição que você quer.

Valeu muito obrigado
me ajudou muito, se caso tiver alguma duvida posso contactar com seu msn?

grato pela ajuda

pode sim