Como proteger aplicação Web

Bom pessoal, ainda sou um principiante em Java e acabei o desenvolvimento de minha primera aplicação para Web, \o/ (Uhu!).
Andei dando uma olhada por aí em ofuscadores e vi que não é uma unanimidade, porém tô no meio de um dilema:
eu vou enviar essa aplicação para uma empresa anexar ao seu site que foi desenvolvido por outro. Não quero proteger meu código, impedindo que alguém copie, etc… porém como impedir e explicar para meu gerente que o provedor uma vez com o .war possa utilizar da minha aplicação para outros fins, inclusive vendedo como se fosse sua ? Ofuscar não seria o bastante correto ?
Uma vez que utilizo Hibernate ele só alteraria o hibernate.cfg.xml apontando para o banco que quisesse
Gostaria de saber como a galera mais experiente procede.

Sinceramente, “esconder” ou “proteger” todo o código é praticamente impossível. Claro que em Java é um pouco mais dificil, pois a pessoa precisa “descompilar” os .class e assim alterar o código fonte, diferente de PHP, Ruby, Perl e etc onde você já envia o código fonte (nesse caso é pior ainda). Portanto, o correto seria usar a licença certa do seu software e se possível, fazer um contrato com a empresa que está trabalhando em parceria com você.