Estes assuntos (FIX protocol, redes neurais) estão além do meu conhecimento atual, então não vou entrar neles. Imagino que alto desempenho é importantíssimo nesse projeto, então seguem algumas observações gerais:
Por que te fizeram ir para C++? Estou supondo que é uma demanda ou imposição do projeto, que você reluta em seguir porque a versão Java se mostrou com melhor desempenho, certo?
Não acho que você terá muita opção além de fazer você mesmo as comparações entre as implementações e chegar a alguma conclusão a respeito. E, se seu objetivo é convencer as pessoas do projeto que a melhor implementação seria a em Java, acho que é o melhor caminho. Melhor ainda se você puder discutir essas implementações, pois às vezes outras pessoas conhecem otimizações que podem ajudar nessas implementações.
Numa pesquisa rápida, vi que esse FIX Protocol é um domínio muito específico (trading), então, se já não está dando uma olhada nisso), pode ser que você tenha mais sucesso em fóruns do exterior. Inclusive, parece haver um fórum específico para ele ( https://forum.fixtrading.org/ ). Pode também dar uma olhada no StackOverFlow.
Sobre a questão do desempenho em si, obviamente houveram melhorias nesse meio tempo, mas não acho que tenham sido enormes no caso do Java. No caso de C++, você ainda tem que considerar que também existem diferentes versões (C++11, C++17), diferentes compiladores (gcc, clang, ms visual C++) e inúmeras otimizações que podem ser habilitadas ou desabilitadas conforme a necessidade. Ou seja, testar é provavelmente sua melhor opção.
Abraço.