Comparar arquivos texto com Java ?

comparar como?

Layout do arquivo Texto (um modelo ou um exemplo pequeno já ajuda)?

Cada empresa (a chave seria um cnpj) aparece no arquivo uma unica vez. Então teria que fazer tipo um relatorio com as linhas (que comecem com 0000 e 1200) referente a essa empresa.
Por exemplo: Como são 360 arquivos, teria que ter 360 vezes a linha que começa com 0000 e 360 vezes a linha que começa com 1200.

As informações nas linhas que preciso estão separadas por “|”.

Por exemplo:

0000 |cnpj|valor1| valor2 |…|…|
1200 |data|valor1| valor 2 | …| …

Um dos maiores problemas das pessoas é não conseguir explicar o que querem.
De qualquer forma, existem várias maneiras de comparar arquivos e, cada uma, depende de qual a real necessidade.
Por exemplo, quero comparar um número não definido de arquivos em busca de um determinado texto, um nome, um cpf, uma data.
Até onde pude entender, você quer a informação que está presente em duas linhas específicas, iniciadas em 0000 e 1200. Qual a necessidade disso, é comparar os valores existentes nos 360 arquivos? É buscar e identificar repetição? É obter a quantidade de repetições? É verificar quantos arquivos possuem informação exclusiva (não repetitiva)?

Quero exibir num relatório as linhas que comecem com 0000 e 1200 de uma unica empresa. Preciso comparar as informações contidas nessas linhas em todos os arquivos.

Eita, ta dificil explicar mesmo o que quer, rs.

Essas linhas possuem o mesmo formato, alterando apenas os dados? Se sim, crie classes Java que represente cada linha, faça parse de cada linha transformando numa list desse objeto e depois é só trabalhar em cima.

Nada de ficar trabalhando em cima de arquivos textos, trabalhe com objetos Java, e se precisar persistir, recrie o arquivo com todos os dados necessarios