Primeiro de tudo, o que você quer está longe, muito longe, de ser simples. Existem teses de doutorado inteiras sobre reconhecimento de faces e localização automática de pontos biométricos.
Agora, vamos supor que todas as pessoas irão cooperar (parar na frente da câmera, exatamente de frente, preferencialmente com o queixo apoiado em algum lugar, sem maquiagem, e ter sempre fotos atualizadas, mesmo que elas engordem, deixem a barba crescer, etc.), que você saiba exatamente que câmera será usada e que a iluminação será constante. Nesse caso, você pode usar o método getRGB da classe BufferedImage Java para procurar os olhos. Entretanto, talvez o melhor seria você usar C++ e uma biblioteca como a OpenCv.
Existem processos de identificação de face baseados em texturas, que não dependem de parâmetros biométricos e dão resultados interessantes. Mas exigem treinamento. Como existe um cadastro funcional, talvez seja uma alternativa melhor sobre o seu caso. Procure por identificação de faces por eigenfaces e você encontrará trabalhos nesse sentido.