Compilação do Netbeans

Pessoal, é o seguinte, tenho um programa que trabalha disparando processos . Quando executado de dentro do NetBeans o programa funciona normalmente, porém quando eu utilizo o .jar (gerado através do build do próprio Netbeans) o programa não consegue disparar os processo (principalmente os remotos).

O que eu quero saber é:

  1. algum de vcs já passou por isso?
  2. gostaria de saber se eu posso verificar como o Netbeans está gerando o .jar e como ele faz a chamada ao java, para poder comparar as diferenças e verificar o motivo do não funcionamento.

Até mais,
Lucas Goulart