Config do tomcat

Não entendi direito sua dúvida, mas pareceu ser relativa aos contextos criados dentro da pasta de aplicativos… para vc trabalhar com outros aplicativos vai precisar criar novos contextos…no admin do seu tomcat…
tenta entrar em:
http://localhost:8080/admin

aí vc coloca sua senha d admin do tomcat e cria um novo contexto baseando-se nos contexto q jah estaum criados…

se num for nada a ver com a sua dúvida vlw a inteção…ehehe flw…

Pelo que eu entendi você quer criar apps dentro de outra pasta, além da webapp. É isso?
Se for eu acredito que não tem como, ao menos nunca vi nada parecido, e nem necessidade para isso.

Dar dá para fazer, veja que tem uns arquivos XML em \conf\catalina\localhost para cada aplicação, dá para alterar o .xml para ele apontar para um outro diretório.

<?xml version='1.0' encoding='utf-8'?>
<Context
    workDir="c:/temp/work"
    path="/minhaApp"
    docBase="c:/diretorio_minha_app/minhas_paginas"
    reloadable="false">
</Context>