Configuracao de servidor, estrutura de diretorios

Olá
(perdendo a virgindade no forum)

E ai galera problema eh o seguinte…

Eu uso o Eclipse Galileo/Eclipse Java EE IDE for Web Developers.

Tenho no meu workspace alguns projetos com a estrutura de diretórios padrão criada pela IDE, com os subdiretórios build, src e WebContent.

Além disso tenho o TomCat configurado na IDE.

Consigo rodar tranquilamente meus projetos no workspace, a partir da IDE.

Porém os templates que se encontram no diretório webapps, ficam indisponíveis quando dou carga no servidor a partir do Eclipse. Só consigo acessa-los quando inicio o Tomcat manualmente. Pq isso ocorre?

Como posso exportar meu projeto do workspace para o webapps, e com a estrutura de diretórios padrão da especificação do Sun. Pelo que vi eh ligeiramente diferente neh?

Já exportei para WAR, mas nao me adiantou em muita coisa.