deixa eu te dar um toque, sei quem naum foi bem esta sua pergunta mas a versão 3.22 , ja tem algum tempo desde o seu lançamento, agora ja tem versões bem mais novas , as mais recentes suportam innodb, pra você poder usar integridade referencial pelo proprio banco, entre no site do mysql ab
e veja as atualizações tem também algumas ferramentas q acho interessante não sei se vc ja conheçe
dbdesigner, ferramenta case ( voce faz um DER , e ele te gera o script todo mysql)
ems ( exceletente editor de consultas sql )
e realmente pra voce conectar o myql com java tente baixar o jdbc mais recente , e que seja totalmente em java , é mais rápido!!![b]
vocêe encontra isto no site oficial do mysql, ( é so digitar no google) [/b]