Conversão de arquivo byte[] para File sem escrever em disco

Você tem que gravar os bytes em disco primeiro e só então criar objetos File com o nome dos arquivos criados. O fato é que você está trabalhando com coisas diferentes. byte [] é simplesmente um array de bytes, provavelmente você não tem nenhum informação de sistema de arquivos nesses bytes, apenas os dados. Já um objeto da classe File não representa dados, é apenas uma representação de um nome no sistema de arquivos, tanto que não é possível ler ou escrever dados a partir de um objeto File, você tem que abrir um stream para isso.

Não é possivel mudar seu sistema para trablhar com Streams?

Nesse caso seria facil colocar o byte[] dentro de um ByteInputStream e enviar para algum método.
Do mesmo modo provavelmente voce esta abrindo um FileInputStream para ler o File.
Ambos implementam InputStream.