Sugestão: procure no google por “opensource pdf to multipage tiff”. Entretanto, posso sugerir algo se você não tiver medo de sujar um pouco as mãos e não for intolerante quanto a ter uma solução 100% Java.
Normalmente pagar “zero” por uma solução envolve algo como:
a) converter o PDF para várias imagens PNG (ou TIFF mesmo) usando o Ghostscript;
b) Pegar as diversas imagens e juntá-las em um TIFF usando o ImageMagick ou o GraphicsMagick.
Por que é que não digo para fazer tudo só com o GhostScript? É que provavelmente você vai achar que os arquivos TIFF gerados diretamente pelo GhostScript são gigantescos, e você precisa de uma versão específica de TIFF para mandar para o sistema que lê arquivos TIFF. Portanto, eu adicionei um passo a mais para evitar esse tipo de problemas.