Criação de um Time Out em Java

Nao existe outro jeito de fazer isso sem usar uma Thread pra notificar a outra de que ela deve parar de executar depois de um tempo determinado. Pra dar uma forcinha, voce talvez ache interessante a classe TimerTask.

Se você usar Thread.interrupt (que interrompe uma thread que esteja fazendo I/O) você pode ter uma surpresa desagradável - é que isso até funciona em Unix/Linux, mas não funciona direito em Windows, mesmo nos casos em que deveria funcionar. (Na verdade não funciona direito em Windows porque o próprio Windows não dá um suporte muito adequado a esse tipo de coisas.)

O melhor negócio ainda é examinar uma variável do tipo

private volatile boolean flag;

e checar o flag dentro do seu loop.

Outra forma é fazer o seguinte:

Digamos que você queira fazer algo muito simples, como ficar fazendo uma soma até completar pelo menos 100 milissegundos.

Você pode fazer algo como:

long t0 = System.currentTimeMillis();
long tempo = 100; // ms
double soma = 0.0;
while (System.currentTimeMillis() - t0 < tempo) {
    soma += 0.1;
}

Talvez seja isso o que você quer.