Criar diretório

File file = new File("./WebContent/dir/");
	if(file.isDirectory() == false) {
		file.mkdirs();
	}
	//Usa o file writer pra escrever no diretório

XMLOutputter xout = new XMLOutputter();

		try {
			File file = new File("./WebContent/jsp/arq");  
			    if(file.isDirectory() == false) {  
			        file.mkdirs();  
			    }  
			    //Usa o file writer pra escrever no diretório 

			// Criando o arquivo de saida
			FileWriter arquivo = new FileWriter(new File(file, "data.xml"));

			// Imprimindo o XML no arquivo
			xout.output(doc, arquivo);

		} catch (IOException e) {
			e.printStackTrace();
		}