Criar entitymanager em tempo de execução

Boa noite, tenho um problema que é o seguinte, faço o cadastro de varias conexões de banco de dados salvo em uma tabela e dependendo da funcionalidade do sistema ele busca estas configurações nesta tabela, porem para conseguir utilizar dessa maneira só consegui utilizando JDBC. Gostaria de saber se tem como criar um entity manager em tempo de execução buscando as configurações do banco na tabela porque pretendo utilizar o JPA.

Obrigado