Criar instalação e como configurar diretório de pastas do programa?

Gostaria de criar instalação para minhas aplicações Java.
O problema é que em ambientes e sistemas diferentes, as pastas podem variar e queria que na instalação, o aplicativo Java gravasse uma chave no registro (ou arquivo de configuração) com a localização das pastas que o programa usa.
Tenho muitas dores de cabeça com isso… Porquê cada vez que eu coloco os programas em máquinas muito diferentes, como TINY CLIENTE ou com outras versões do Windows, ele dá problema com pastas…
O grande problema é que acho que não dá para configurar a pasta dinamicamente, porquê até o próprio arquivo com as configurações teria que ser buscado por uma pasta específica…