Criptografia(basica) e Java

Pessoal, estou começando no mundo da criptografia e gostaria que voces pudessem ajudar a eu evoluir nessa area. Então eu faço a pergunta!
Neste codigo abaixo, como faria para eu trocar as letras do alfabeto, com dois vetores, b e c? Eu estou usando um array para amarzenar as letras que seria o A. Eu quero fazer que as letras sejam invertidas. Tem como?
obrigado!

import javax.swing.JOptionPane.*;
public class Atbash
 {
  public static void main(String args[])
   {
     String  a = new String();
     String [] b = {"A","B","C","D","E","F","G","H","I","J","K","L","M"};
     String [] c = {"Z","Y","X","W","V","U","T","S","R","Q","P","O","N"}; 
    do {
    	String x;
    	x = javax.swing.JOptionPane.showInputDialog("Escrevas as letras:");
    	a = x;
    	System.out.print(a); 
       } while(!a.equals("."));	
    for(int i=0; i<a.length(); i++)
     {
     System.out.println(a.charAt(i));
     
     }
     System.exit(0);
   }
 }  		

neste codigo daria para fazer isso?

[size=“11”][color=“red”]* Editado: Lembre-se de utilizar BBCode em seus códigos - Matheus [/color][/size] :joia:

:!: Tente usa como coleção pode ser mais facil