Criptografia

Não; para efeitos de criptografia, trabalhe com arrays de bytes e FileInputStream.

A criptografia está tranqüilo, eu não sei se utilizando aquele método consigo passar para o atributo this.arquivo os espaços e as quebras de linhas.

Você está acumulando as linhas lidas do arquivo na variável linha sem usar qualquer caractere delimitador. Assim, você vai perder as quebras de linha e linhas vazias.

Ah, sim: como você está acumulando o conteúdo do arquivo numa única variável, pode haver problemas quando o arquivo for muito grande. É melhor processar essas informações por blocos, para aproveitar melhor a memória disponível.

Você pode citar para mim algum delimitador em Java para eu passar as quebras de linha e os espaços vazios para a variável.

Reforço a dica do thingol para que você use arrays de bytes e FileInputStream, pois ao fazer isso você simplesmente não precisará se preocupar com o conteúdo do arquivo. Se você realmente quiser usar um delimitador, uma opção possível é \r\n (a clássica quebra de linha dos ambientes MS-DOS e Windows), mas gostaria de deixar bem explícito que considero que esse NÃO é o melhor caminho.

Para eu passar os valores em blocos vou precisar saber a quantidade de bytes contidos no arquivo, certo? E como faço isso?

Use o método File.length() :

http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/File.html#length()

Estou tentando agora com ArrayList, ou seria melhor criar um Array do tipo char e introduzir byte por byte?

Percorra o arquivo de entrada e extraia os blocos de dados contidos nele usando FileInputStream.read() :

http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/FileInputStream.html#read(byte[])

Basta criar um array de bytes e usar o método read() repetidamente, até alcançar o fim do arquivo.

Digamos que o arquivo seja pequeno (normalmente é o caso). Então você pode fazer:

File f = new File ("c:\\arquivo\\texto.txt");
int length = (int) f.length();
byte[] bytes = new byte[length];
InputStream is = null;
try {
    is = new FileInputStream (f);
    is.read (bytes);
} finally {
    if (is != null) try { is.close(); } catch (IOException ex) {}
}

Ao final deste código, o array de bytes “bytes” irá conter os bytes do arquivo, sem tirar nem pôr.