Dar Permissão de administrador dentro do Java

Dá para criar scripts (bash e batch) para tentar executar a aplicação como ADM. Agora, mais do que isso, acho difícil.

Boa idea, mas isso não vai servir para o meu caso
de qualquer maneira obrigado

No Windows tu pode definir isso quando criar o .exe com o launch4j como visto aqui. Já no Linux eu não sei. Já tentou executar o .jar pelo terminal com o sudo assim como @drsmachado citou?