Debug eclipse

Bom dia eu utilizo Eclipse Europa com plugin MyEclipse, muitas vezes quando comento um trecho de código e faço debug ele continua executando a parte comentada. Então tenho que encerrar o jboss e limpar a pasta tmp e work, iniciar novamente o jboss para ele não passar nos comentados.

Alguem sabe se tem como resolver isso de outra forma?

descobri, se houver qualquer erro de compilação ele se perde e ocorre o problema.
Havia um problema numa classe do WEB, com problema, mesmo o jboss iniciando com esse erro.

Não sei se eh somente isso, pelo menos não deu mais o problema.