É possível, usando o plug-in do Tomcat no Eclipse, depurar uma aplicação que é acessada (fase de teste) por outros usuários sem que haja perca de desempenho ou problemas para que eu depure??? Ah! A aplicação funcionará num server da intranet e o objetivo é disponibiliza-la para avaliação dos técnicos (agronomos e estatísticos) e aliviar a memória consumida no meu pc, já que hoje o tomcat roda nele.
Usar uma VM em modo de depuracao afeta, sim, a performance, mas nao chega a ser algo absurdo.
O problema é que quando vc estiver parado em um breakpoint qualquer, aquela thread inteira vai estar pausada, e isto pode afetar a disponibilidade do Tomcat e da sua webapp.
Usando uma JVM que seja anterior a 1.4.2, ou seria a 1.4.1?, vai fazer tua aplicação rodar umas 10-30x mais lento devido a desabilitar o JITer globalmente.
Nas versões novas as JVMs da Sun só rodam em modo interpretado código relacionado à classes que estão instrumentadas para debug (breakpoints, watchers, etc).