Olá,
Eu tenho algumas aplicações na amazon, mas eu nunca reparei em algo que aconteceria em ambientes com 2 ou mais instâncias.
Caso de teste:
1 - Criar ambiente com 5 instâncias
2 - Fazer deploy da aplicação (WAR)
Perguntas:
As instâncias que ainda não receberam a atualização, param de responder? A instância que está recebendo a atualização, para de responder enquanto atualiza?