Deploy no GlassFish

Ola, estou com um projeto de upload desenvolvido no netbeans e glassfish, o projeto esta funcionando normal mas o que eu queria saber o seguinte, nele existe uma pasta upload e gostaria de saber se tem como quando eu fizer um deploy ele nao substituir essa pasta, ou alguma ferramenta de controle de versão para que toda vez que atualizar o projeto essa pasta continue

A pasta está dentro do projeto?

esta sim