Desabilitar todas as janelas modais do sistema

Boa tarde, tenho um sistema de emissão de nfe todo feito em swing, é um programa que roda em desktop…
Agora, surgiu a necessidade de fazer com que o sistema funcione através de uma rede de varios terminais, aonde o programa principal de emissão de nfe vai ficar apenas em um micro, e os terminais vão enviar solicitações pela rede pra envio das notas fiscais…
Como ele irá funcionar pela rede e pra varios usuarios, vai ter uma fila de impressão de nota fiscal(que já implementei usando socket).

O problema é o seguinte:
O programa como esta agora está sujeito a mostrar algumas mensagens pro usuario durante o processo de emissão, como por exemplo inconsistencia de dados na nota fiscal, email do destinatario invalido, erro ao carregar certificado digital, conexão com o banco, entre outros… E essas mensagens são mostradas através de JOptionPane’s modais, ou seja, vai ficar a mensagem la esperando que alguem de um ok pra ela sumir…
Nesse caso novo, não vai mais poder aparecer as mensagens pois nao vai ter ninguem la no servidor pra dar ok, ao inves disso as mensagens devem ser enviadas devolta pro terminal que fez o pedido de emissão pro servidor.
Como tenho mais de 400 ocorrencias de mensagens modais no sistema, pensei que talvez exista alguma forma mais simples de esconder essas mensagens, ao invés de ter que entrar em cada uma delas pra corrigir.
Alguem tem alguma idéia da possibilidade de fazer isso?