Desativar janela de confirmação - "OK"

Boa tarde pessoal,
gostaria de saber se existe alguma forma de resolver a situação abaixo:

A partir de um código java, crio um arquivo .bat que entre outras coisas executa um arquivo .exe.
Só que esse aplicativo abre uma janela de “OK” para que alguém clique no botão, pois esse procedimento era feito manualmente e agora será automatizado e não dá pra suprimir a janela de “OK”.
O processo ficará travado esperando alguém clicar e preciso de algo que faça isso automaticamente.
Agradeço se alguém tiver uma idéia. abs.