Desejo fazer um sistema online, o que usar, quais frameworks?

Se você não tem experiência o melhor a fazer é começar a fazer na unha. Deixe as dificuldades aparecerem daí então você escolhe o framework que resolve o seu problema. Por exemplo, tente fazer os DAO’s a mão. Com 2 ou 3 você vai ver que compensa usar um framework ORM, ou então, se for o caso, pode usar um banco NoSQL.
Deixe os problemas acontecerem para então escolher a solução, caso contrário, o seu sistema vai ficar inchado demais. É claro que desenvolvedores mais experientes conseguem antecipar dificuldades na arquitetura e escolher uma solução pronta de antemão. Mas para quem está começando, acho essencial entender antes os problemas para depois pesquisar as soluções.

Antes de decidir quais frameworks usar, você tem que saber usá-los. Não é tão simples aprender todos os detalhes de cada framework. E geralmente você usa ou JSF ou Struts.

E, se é seu primeiro sistema web, inicie com JSP/Servlet mesmo, fazendo tudo na mão, para depois estudar frameworks.

Os frameworks devem ser selecionados de acordo com as necessidades da solução…
Pelo menos:

1. Framework para camada de visão - JSF.
2. Framework de persistência - JPA.