boas,
Desenvolver uma j2ee projecto com jboss é igual ao desenvolver com netbeans?
Valeu[]
que faz um aplication server?
netbeans é uma ide, jboss um application server…
nao faz sentido comparar um com outro filhote 
Bom Apos vc fazer a sua aplicação vc vai gerar um deployment .
Esse deployment vai ser jogado pra dentro do seu servidor de aplicação .
O servidor de aplicação que vai gerenciar toda a sua aplicação
aplication server = gerencia a sua aplicaçao web e tem muitas outras funcionalidades . tratamento de sessao , threads …etc.