Desenvolver em Java no Linux e rodar app no Windows

Pessoal tenho alguns app em Java que desenvolvo no Linux e que serão executados no Windows, eles funcionam direito, o único porém é que mensagens de alerta que uso no jOption não exibem caracteres como acentos, ç, etc.
Uso o Netbeans é alguma configuração dele ou é uma particularidade do Java? Tem como contornar isso?

Deve ser problema de enconding, grava todos os arquivos como UTF-8

No Netbeans eu configurei para o padrão ser UTF-8, tanto na versão instalada no Windows como na versão instalada no Linux, quando eu abro o projeto os caracteres saem tranquilo.

Mas quando eu compilo (independente de compilar no Windows ou no Linux) e executo no Windows os caracteres que citei saem como código.

Não existe uma forma ou ajuste no encoding para que mesmo compilando e trabalhando no Linux a aplicação ao ser executada no Windows não paresente essas falhas?

Veja qual dos comandos resolve o problema de sua aplicação.

java -Duser.encoding=UTF-8 -classpath blablabla SuaClasse
java -Duser.encoding=ISO-8859-1 -classpath blablabla SuaClasse

Por exemplo, como desenvolvo no Windows e tenho de rodar programas no Linux, volta e meia tenho de usar -Duser.encoding=ISO-8859-1

Veja o que é mais apropriado para seu caso.