Alguem sabe me dizer, se uma dessas ferramentas possuem alguma limitação para o desenvolvimento/manutenção de sistemas comerciais ? $$$
Fica minha dúvda pois a empresa onde presto serviços, exige que seus funcionários usem softwares legalmente.
vc paga nada. Não ha custo algum para se desenvolver usando java. Você so tem que cuidar que algumas bibliotecas possuem restrições (Como o driver para MySQL). Mas o java em si não, nem o Netbeans nem o eclipse
Não nenhum desses são pagos!!
Amigo você pode ficar tranquilo porque eles nunca serão pagos, beleza
Obrigado pela resposta de todos!
A principio o foco dessa empresa é php, eu ja tinha ouvido falar desses tais drivers do mysql, e , inclusive, quando parece que se faz uma aplicação comercial, você tem que pagar a licença do banco se não estou enganado 
vou até atras desses detalhes, muito bem lembrado Falegund!!